کنترل بيماري‌‌هاي پژمردگي و پوسيدگی ‌‌فوزاريو‌‌مي کار دشواري است. روش‌‌هاي کنترل شناخته شده در مقابل پژمردگي و پوسيدگی ‌‌فوزاريو‌‌مي ‌عبارت از روش‌‌هاي کنترل شيميايي، بيولوژيکي، کنترل شرايط کشت و استفاده از گياهان مقاوم نسبت به بيماري ‌‌مي‌باشد. موثرترين ‌اين روش‌‌ها، استفاده از ‌ارقام مقاوم است، در حالي‌که در استفاده از کنترل شيميايي و کنترل شرايط کشت موفقيت محدودي حاصل شده است. در سال‌‌هاي اخير، استفاده از عوامل کنترل بيولوژيکي، به‌ عنوان روشي سازگار با محيط براي کنترل بيماری پوسيدگی ‌‌فوزاريو‌‌مي ‌رايج شده است و گامی در رستای تولید محصولات ارگانیک برداشته شده است.