نیتروژن و فسفر از منابع اصلی هیدروشیمیایی آب¬های سطحی و زیرزمینی در حوزه¬های آبخیز هستند. غلظت‌های بالای فسفر در رواناب سطحی باعث ائوتروفیکاسیون می‌شود که به عنوان منبع اصلی خرابی منابع سطحی آب در نظر گرفته می‌شود. در این تحقیق جهت شبیه¬سازی فرسایش و رسوب و بررسی میزان هیدروشیمیایی کیفیت آب از مدل پیوسته و نیمه توزیعی SWAT استفاده شد. این مدل قابلیت اتصال به سامانه اطلاعات جغرافیایی (GIS) را دارا بوده و براي استفاده در حوضههاي پیچیده و با وسعت زیاد گسترش یافته است. در این تحقیق مدل براي داده سال¬هاي 1987 تا 2012 به صورت ماهانه و روزانه اجرا شد. از داده¬هاي 1993 الي 2003 براي واسنجي مدل با استفاده از داده¬هاي مشاهده¬اي و داده¬هاي مشاهداتي سال¬هاي 2004 تا 2008 براي اعتبار سنجي مدل با استفاده از الگاریتم SUFI-2 استفاده گرديد. در واسنجی رسوب ماهانه ضرایب R2، NS، r-factor و P-factor در ایستگاه چهل گزی به ترتیب 66/0، 61/0، 89/0 و 75/0و در ایستگاه خلیفه ترخان و 68/0، 63/0، 74/0و 60/0 برآورد شد، به طور کلی در هر دو مرحله واسنجی و اعتبارسنجی ضرایب قابل قبول می‌باشند. وهمچنین نتایج تغییرات سالانه نیتروژن و فسفر کل در خروجی حوزه آبخیز سد قشلاق نیز نشان داد که به طور کلی نیتروژن نسبت به فسفر سهم قابل توجه¬تری در کاهش کیفیت آب را به خود اختصاص می دهد