آبخوانهای کربناته در مقیاس جهانی از مهمترین منابع تامین کننده آب می باشد. این منابع در کشور ما نیز گسترش نسبتا خوبی دارد. ولی در حال حاضر ضرورت حفاظت و مدیریت منابع آب کارست به طور کامل مورد توجه قرار نگرفته است. وجود هر گونه مواد آلاینده مانند تجمع زباله-ها، فضولات دام ها، جریان یافتن فاضلاب ها و پساب های سکونت گاه های به رودخانه ها و زباله ریزی توسط گردشگران می تواند از جمله عوامل بالقوه در آلودگی منابع آب کارست حوضه باشد. ارزیابی آسیب پذیری و خطر آلودگی اقدامی مهم در مدیریت منابع آب کارست است. هدف اصلی مقاله ی حاضر ویژگی های کارست ژئومورفولوژی حوضه ی کلات در ارتباط با حساسیت سیستم زهکشی و نیز عوامل بالقوه آلاینده ای است که به ویژه طی سال های اخیر شدت یافته اند. این عوامل پس از بازدید میدانی شناسایی و منطقه-بندی گردیده و موقعیت تمرکز آن ها با استفاده از نرم افزار Arc GIS بر روی نقشه ترسیم شده است که می تواند برای مدیران اجرایی و برنامه-ریزان حائز اهمیت باشد. بدیهی است شناخت و تحلیل این وضعیت پیچیده می¬تواند گام مؤثری در جهت حل بسیاری از مسائل موجود در این پهنه ها باشد.