افزایش عملکرد دانه هدف اصلی اکثر برنامه¬های اصلاح گندم در سراسر جهان است. در برخی از کشورها مانند استرالیا و کانادا، رقم جدید گندم بایستی حد کیفیت قابل قبولی را قبل از تولید تجاری داشته باشد. برای بیشتر مصارف مرسوم، کیفیت گندم به طور عمده از دو ویژگی سختی دانه و مقدار پروتئین ناشی می¬شود. سختی دانه صفتی ارثی است، اما به شدت تحت تاثیر شرایط آب و هوایی غیر طبیعی مانند بارندگی بیش از حد در طول دوره برداشت قرار می¬گیرد. مقدار پروتئین توارث¬پذیری ضعیفی داشته و به شدت وابسته به عوامل محیطی مانند: فراهمی نیتروژن خاک و رطوبت فصل رشد دارد. بعلاوه هر یک از محصولات نهایی مستلزم "کیفیت" خاصی در پروتئین است. کیفیت توسط ساختار مولکولی پروتئین های¬عمده آرد که به نوبه خود، کنترل فعل و انفعالات پروتئین در طول فرآیند تولید نان را بر عهده دارند تعیین می¬شود. گندم دوروم سخت¬ترین بافت دانه را داشته و معمولا مقدار پروتئینی بالایی را دارا می باشد و به دلیل داشتن ساختار بسیار شیشه¬ای (راندمان بالای تولید سمولینا)، به دلیل ترکیب منحصر به فرد پروتئین¬های ذخیره¬ای برای پخت ماکارونی با کیفیت خوب و مقدار زیاد رنگدانه زرد، برای ظاهر جذاب محصول پخته شده مورد نیاز مناسب است. این سه ویژگی توارث پذیری بالایی داشته و بسهولت با روش¬های اصلاحی متداول بهبود یابد. تحقیقات اخیر نشان داده است که حضور گاما-گلیادین 45، نشانگر قابل اعتمادی برای کیفیت است. امروزه این شاخص برای غربالگری اولیه در بسیاری از برنامه¬های اصلاحی گندم دوروم استفاده می¬شود. گندم¬های هگزاپلوئید طیف گسترده¬ای از نظر سختی دانه و مقدار پروتئین دارند. سخت¬ترین گندم از این گروه که پروتئین بالاتری دارند، برای نان حجیم استفاده می¬شود. شایان ذکر است برای حصول بالاترین کیفیت نان، تحقیقات قابل توجهی درباره خواص مولکولی پروتئین آرد مورد نیاز است. پروتئین اساسی گندم در این زمینه "گلوتنین" است. برای نشان دادن حضور زیرواحدهای گلوتنین مطلوب در جمعیت اصلاحی و جداسازی آنها می¬توان از الکتروفورز و کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا استفاده کرد. گندم¬های معمولی که سختی متوسط و مقدار پروتئین کمتری دارند برای انواع دیگر نان و نودل¬ها کاربرد دارد. گندم¬هایی با نرم¬ترین بافت و پایین¬ترین مقدار پروتئین برای کیک و کلوچه استفاده می شود. در برخی محصولات مانند نودل¬های چینی، کیفیت نشاسته با کیفیت پروتئین در کنار یکدیگر مهم است. این ویژگی بایستی در استراتژی¬های گزینش گندم¬ها برای این کاربرد توسعه یابد. آزمون¬های غربالگری که منعکس کننده محصول نهایی است، مستلزم استفاده از محصولات شناخته شده بوده و آزمایشات گندم بایستی با توجه به کاربرد مورد نظر انجام شود.