بيوتكنولوژي كشاورزي و بويژه مهندسي ژنتيك با توليد محصولات تراريخته فرصتي براي كاهش فقر، ايجاد امنيت غذايي، رفع سوء تغذيه و جلوگيري از تخريب منابع طبيعي و افزايش توانايي در اصلاح نباتات ايجاد نموده است. با اين وجود، ورود بيوتكنولوژي در تحقيقات كشاورزي و توليد محصولات تراريخته، در بسياري از كشورها با چالش هايي از جنبه هاي اخلاقي، اجتماعي، فرهنگي، زيست محيطي، ايمني زيستي و تجاري مواجه شده است. آنچه مسلم است هر فناوري در كنار مزاياي فراوان خود، مواردي از خطر يا ريسك را نيز به همراه دارد. استدلال هاي غيرمنطقي و غيرعلمي جهت مخالفت با يك فناوري جديد هم به همان اندازه غير اخلاقي است. به همين دليل اگر محصولات تراريخته بتوانند به هر طريقي مشكلات ناشي از روش هاي كشاورزي سنتي را به حداقل رسانده بدون اينكه خود مشكل جديدي ايجاد كنند، از نظر علمی استفاده از آنها ارجحيت خواهد داشت.
تغيير شرايط و تغيير نظام هاي شناختي تغيير خواهد كرد. نگراني هاي علمي در مورد اين دسته از محصولات هم با استدلال هاي علمي به راحتي قابل حل است.پتانسیل محصولات تراریخته genetically modified (GM)در تهدید حفاظت از تنوع زیستی و پایداری آن قابل توجه می باشد. کشورهایی با تنوع زیستی بسیار بالا و یا کشورهایی که با تنوع گونه های گیاهی بعنوان قطب کشاورزی دنیا مطرح می باشند جزء مناطق آسیب پذیر در این زمینه به شمار می روند. آینده ی صنعت کشاورزی پایدار و امنیت منابع استراتژیک جهانی غذا، می تواند بطور برگشت ناپذیری توسط آلودگی منابع ژنتیکی مورد تهدید قرار گیرد. از آنجا که محصولات تراریخته جدید هستند، رهاسازی آنها در محیط زیست باعث ایجاد نگرانی هایی می گردد؛ چرا که اثرات غیرقابل پیش بینی اکولوژیکی و تکاملی بین خود گونه های تراریخته و در زیستگاه موثر آنها ممکن است در میان مدت و بلند مدت بوجود آید. یکی از عواقب این فرآیندها ممکن است غلبه این گونه ها بر فلور گیاهان طبیعی با انتقال صفات ژنتیکی و تخریب و فرسایش منابع ژنتیکی آنان باشد، که امروزه بعنوان محصولات کشاورزی پایدار مطرح می باشند. ظرفیت داروئی و صفات صنعتی محصولات تراریخته نیز می تواند از ریسک های خطرناکی باشد که در صورت رهاشدن این محصولات در محیط زیست می تواند بوجود آید.