رودخانه ها دارای نقش های اکولوژیکی مهم و متنوعی می باشند که به وسیله فرآیندهای بیوژئوشیمیایی و اکولوژیکی حمایت می شوند. در حواشی اکثر رودخانه ها مزارع پرورش ماهی احداث می شوند که نقش به سزایی در اقتصاد منطقه ای و تامین پروتئین ناحیه ای دارد. پساب مزارع پرورش ماهی مخلوطی غنی از مواد جامد معلق و مواد مغذی می باشد که به آبهای پایین دست همان رودخانه یا رودخانه های مجاور تخلیه می شود. این پساب ها با ورود به رودخانه اثرات نامطلوب زیست محیطی را بر کیفیت آب رودخانه بر جای می گذارند. رودخانه سبزکوه در منطقه حفاظت شده سبزکوه و در استان چهارمحال و بختياري قرار گرفته است. اين رودخانه بواسطه کيفيت بالای آب و شرايط خاص، بخش عمده اي از مزارع پرورش ماهي استان را به خود اختصاص داده است. پساب مزارع پرورش ماهی معمولاً موجب افزايش ميزان آمونياک، نيتريت و نيترات آب رودخانه مي شود و از طرف ديگر موجب تغيير ميزان pH، EC ، BODو فسفات آب رودخانه ميگردد. در این پژوهش تأثیر پساب این مزارع بر کیفیت آب رودخانه سبزکوه مورد بررسی قرار گرفته است. تجزیه نمونه‌هاي آب در دوره هاي متفاوت زماني و مکاني از ايستگاههای مختلف نشان مي‌دهد که تراکم مزارع پرورش ماهي و استفاده از داروها و غذاهاي مکمل جهت افزايش توليدات شيلات در اين رودخانه منجر به افزایش پارامترهاي کیفی نظیر BOD ، EC، pH، نيترات، فسفات و سولفات شده و کيفيت آب رودخانه را تحت تاثير قرار داده است.