رودخانه ها مهمترین و متداولترین منابع تأمین آب آشامیدنی،کشاورزي و صنعتی به شمار می آیند و به علت این که از بسترها و مناطق مختلفی عبور می کنند و در ارتباط مستقیم با محیط پیرامون خود هستند نوسانات کیفی زیادي دارند. عوامل متعددی از جمله عوامل طبيعی (بارش، هوازدگي، فرسایش و ليتولوژي حوضه) و انسانزاد (فعاليت هاي صنعتي، كشاورزي و شهري) بر کیفیت آب های سطحی تاٌثیر میگذارد. به منظور بررسی کیفیت آب رودخانه قره آغاج از 7 ایستگاه در مسیر رودخانه نمونه برداری انجام شده و غلظت کاتیون ها و آنیون های اصلی، هدایت الکتریکی، کل مواد جامد محلول و نیترات اندازه گیری شد. نتایج آنالیز های مذکور نشان داد که فرایند اصلی کنترل کننده‌ شیمی آب این رودخانه عمدتا هوازدگی سنگ‌ها و برهم کنش آب با سنگ است. همچنین کیفیت آب ایستگاههای مورد بررسی در محدوده قابل شرب تا نامناسب قرار دارد و این کیفیت با اعمال تمهیدات لازم برای مصرف کشاورزی مناسب است.