رودخانه ها اکوسیستم های آبی هستند که زیستگاه مناسبی برای بسیاری از آبزیان به خصوص ماهیان می باشند. رودخانه سیاهرود یکی از رودهای اصلی استان مازندران می باشد که پس از عبور از شهرهای قائمشهر و جویبار در منطقه لاریم به دریای خزر می ریزد. برای مطالعات فیتوپلانکتونی در بهمن ماه سال 1392 نمونه آب از سه ایستگاه جمع آوری و با استفاده از روش قطره ای مورد بررسی قرار گرفت. در مجموع 4 شاخه Cyanophyta Bacillariophyta, Chlorophyta وEuglenophyta با 24 جنس شناسایی شد که شاخه Bacillariophyta از بیشترین جنس و فراوانی (71%) برخوردار بوده و فراوان ترین جنس این شاخه در هرسه ایستگاه Synedra بوده است. از جلبک ها برای تعیین آلودگی آب استفاده می شود. با استفاده از شاخص پالمر میزان آلودگی آب بررسی شد که از 20 جنس جلبک های شاخص آلودگی پالمر در مجموع در هر سه ایستگاه، 9 جنسNavicula, Nitzschia, Synedra Gomphonema, Euglena, Cyclotella, Scenedesmus, Melosira, و Chlamydomonas شناسایی شد. با بررسی شاخص پالمر مشخص شد که آلودگی مصب (ایستگاه سوم) با شاخص پالمر 20 بیشتر از دو ایستگاه دیگر بوده و جزء آب هایی با آلودگی بسیار تعیین شده است.