هدف از فیلوژئوگرافی درک فرآیند های اساسی ابعاد مکانی و زمانی از تنوع ژنتیکی است، که تحت دگرگونی های روش شناختی مهم و وسیع و مشخصات این زمینه در حال رشد از علم است. در مطالعات مرسوم فیلوژئوگرافیک، فرآیند های جمعیت شناسی گذشته از توزیع جغرافیایی افراد نشان داده شده بر روی درختان ژن تخمین زده می شود. به عنوان یک رشته، فیلوژئوگرافی اطلاعات مختلف در سراسر رشته¬ها را با استفاده از تنوع فنی و روش های مفهومی ورای نظم معمولی دور هم جمع می کند. این دیدگاه واحد و یکپارچه کلید موفقیت فیلوژئوگرافی است و باعث پایداری آینده فیلوژئوگرافی خواهد بود. در این مقاله به روش-های اساسی و مهم در تحلیل های فیلوژئوگرافی پرداخته می¬شود و برخی از معایب و مزایای این روش ها مورد بحث قرار می گیرد.