امروزه پیشرفت¬های جدید در زمینه ژنتیک مولکولی امکان مناسبی را در جهت پاسخگویی به بسیاری از پرسش¬ها در زمینه رده¬بندی گونه¬ها، بررسی روابط فیلوژنتیک و تکاملی گونه¬ها فراهم کرده است. اینگونه اطلاعات می¬تواند در زمینه¬ی تعیین گونه¬ها و اولویت¬بندی آن¬ها و همچنین تعیین مناطق حفاظتی بسیار مفید باشد. DNA میتوکندری یکی از پر کاربرد¬ترین نشانگر¬های مورد استفاده در مطالعات ژنتیکی است که ناشی از خصوصیات منحصر به فرد آن است. در این مطالعه ناحیه کنترل DNA میتوکندری در مناطق هفتاد قله استان مرکزی، ملایر در استان همدان و خجیر در استان تهران (13 نمونه) برای بررسی میزان تنوع ژنتیکی در این مناطق و مقایسه تنوع ژنتیکی بین آن ها مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. هر سه منطقه تنوع هاپلوتیپی و تنوع نوکلئوتیدی بالایی را نشان دادند که منطقه هفتاد قله اراک تنوع بالاتری داشت. نتایج حاصل از درخت فیلوژنی نشان داد که کل و بز ها در دو استان مرکزی و همدان نسبت به استان تهران بیشتر به هم نزدیک هستند و احتمال اینکه این گونه در این دو استان با هم در ارتباط باشند زیاد است و باید برای مدیریت و حفاظت از آن ها این موارد در نظر گرفته شود.