امروزه روش¬های گوناگونی برای استخراج DNA از رسوبات دریایی موجود است اما به دلیل شرایط خاص اکوسیستم جنگل¬های حرا باید روشی موثر مورد استفاده قرار گیرد. دو روش عمده که برای استخراج DNA از رسوبات و خاک استفاده می¬شود بر پایه استفاده از دو آنزیم لیزوزیم و پروتئیناز K می¬باشد. هدف از پژوهش حاضر مقایسه دو روش فوق می¬باشد. نتایج نشان داد با وجود با استفاده از روش اول محصول بیشتری به دست می¬آید اما DNA به دست آمده قابلیت انجام PCR را ندارد که می¬توان دلیل آن را در وجود ناخالصی¬هایی همچون هومیک اسید دانست. به هرحال به دست آوردن محصول DNA با کیفیت می¬تواند گام مهمی در مراحل بعدی بررسی جوامع میکروبی در رسوبات باشد.ا