آلودگی محیط زیست دریایی، یکی از مهمترین آثار سوء زیست محیطی است که سهم بنادر و فعالیتهای بندری در آن چشمگیر می باشد و به تبع بندر انزلي به دلیل وجود تالاب بین المللی انزلي با شرایط متفاوت و منحصر به فرد زیست محیطی از حساسیت بیشتری نسبت به بسیاری بنادر دیگر برخورداراست زیرا طبق بررسیهای به عمل آمده به دلیل اختلاط آب دریای خزر و تالاب انزلی، وقوع هر گونه آلودگی آب در منطقه ساحلی و به طور مشخص محدوده طرح توسعه می¬تواند تالاب انزلی و در نتیجه حیات وابسته به آن را متاثر سازد.
اسکله قدیمی بندر انزلی دارای ١٠ پست اسكله و حوضچه اصلی آن که در حقیقت در انتهای دهانه اتصال تالاب انزلی به دریا شکل یافته، شامل دو ضلع غربی و شرقی است که بخش غربی حوضچه به کاربریهای تفریحی، نظامی و صیادی تخصیص داده شده و در بخش شرقی آن، فعالیتهای بندری (تجاری) صورت می¬گیرد اما عدم وجود جايگاه مناسب براي پاركينگ و پهلوگيري شناورهاي خدماتي موجود و همچنين شناورهاي در دست خريد و ساخت آتي این بندر باعث شد طرح توسعه مد نظر قرار گیرد .
لذا با توجه به موقعیت مکانی طرح توسعه اسکله بندر انزلی نسبت به تالاب بین¬المللی انزلی و این مهم که فعالیتهای بندری نیز مانند دیگر فعالیتهایی که بشر بر روی کره زمین انجام می¬دهد، واجد برخي پي¬آمدها، تبعات و نگرانیهاي كوتاه مدت و بلند مدت زيست‌محيطي در گستره تحت تأثير و تأثيرگذار آن مي‌باشد ؛ مطمئنا اولین گام جهت جلوگیری از آلودگی احتمالی، شناسایی پی¬آمد های زیست¬محیطی طرح بر اکوسیستم تالاب و گام بعدی ارزیابی و مدیریت ریسک زیست محیطی ناشی از طرح مذکور خواهد بود تا به عنوان گام اول در هر گونه برنامه ریزی مورد استفاده قرار گیرد.