استفاده از اکوتیپ‌های گیاهان دارویی رویشگاه‌های طبیعی در پژوهش‌های به‌زراعی و به نژادی مستلزم بررسی‌های میدانی و آزمایشگاهی برای انتخاب تیپ شیمیایی برتر می‌باشد. تحقیق حاضر به منظور بررسی اثر ارتفاع رویشگاه از سطح دریا بر میزان اسانس و ماده موثره‌ی بابونه آلمانی (Matricaria chamomilla L.) در استان بوشهر انجام شد. بدین منظور جمعیت بابونه آلمانی رشد یافته در رویشگاه‌های طبیعی استان بوشهر در سه بازه ارتفاع، صفر تا 100، 100 تا 350 و 350 تا 750 متر از سطح دریا با چهار تکرار (ناحیه) برای هر تیمار در قالب طرح آماری بلوک‌ کامل تصادفی بررسی شد. در هریک از 12 رویشگاه مورد بررسی علاوه بر برداشت نمونه‌های گیاهی در مرحله گلدهی کامل، نمونه خاک نیز بررسی شد. بازده اسانس گل‌های خشک شده مطابق فارماکوپه گیاهی ایران به روش تقطیر با آب تعیین شد. میزان کامازولن در اسانس الکلی مطابق روش فارماکوپه گیاهی ایران از طریق اسپکتروفتومتری و میزان آپیژنین 7-گلوکوزید بر اساس فارماکوپه امریکا (USP-20) از طریق HPLC سنجیده شد. نتایج نشان داد که اختلاف ارتفاع رویشگاه‌ تفاوت معنی‌داری در مقدار اسانس و ماده موثره بابونه ایجاد نکرد. با وجود این بیشترین میزان اسانس (742/0درصد) درگل‌های بابونه رشد ‌یافته در ارتفاعات بالاتر وجود داشت و اکوتیپ‌های رشد یافته در نواحی پست‌تر دارای ماده موثره‌ی بیشتری (25/4 % کامازولن و 50/0 % آپیژنین 7-گلوکوزید) بودند. براین اساس می‌توان اظهار داشت که تولید حداکثرعملکرد اسانس در گرو توجه به حاصلخیزی خاک است و برای حصول مواد موثره بیشتر جمع آوری بذر بابونه از رویشگاه های پست‌تر استان بوشهرتوصیه می‌شود.