قرارداد اداری همانند سایر قراردادها ممکن است محل اختلاف طرفین قرارداد واقع شود. حال آنکه این اختلاف در تفسیر مفاد قراردادی باشد یا در تعیین مصادیق اجرایی و یا حتی در تغییر مقررات حاکم بر قرارداد . لذا چگونگی حل اختلاف از مسائل مهم و قابل توجه در قراردادهای اداری می باشد. مراجعی که به اختلاف طرفین در قراردادهای اداری رسیدگی می کنند را می توان به دو دسته کلی ،مراجع غیر قضائی رسیدگی کننده و مراجع قضائی رسیدگی کننده تقسیم نمود. مراجع غیر قضائی اصولآ محصول توافق طرفین قرارداد می باشند که با انتخاب آنان توسط طرفین به اختلاف رسیدگی می کننداما مراجع قضائی به حکم قانون به اختلافات رسیدگی می کنند و با تقاضای هر یک از طرفین قرارداد مکلف به رسیدگی خواهند بود. لازم به ذکر است که احکام صادره از هر دو نوع مرجع رسیدگی کننده برای طرفین قرارداد الزام آور خواهد بود.