یکی از جنبه های مهم در توسعه پایدار، کشاورزی پایدار است و امروزه دست یابی به یک نظام کشاورزی پایدار، یکی از سیاست های مهم بخش کشاورزی است. مسأله مهم این است که چگونه از پایداری به عنوان معیار عملیاتی در مدیریت نظام های کشاورزی استفاده کنیم. برنامه ریزی ریاضی ابزار سودمندی برای تحلیل و مطالعه نظام های کشاورزی است. هدف از این مطالعه تعیین الگوی بهینه کشت با استفاده از داده های مقطع زمانی سال زراعی 88-1387 برای شهرستان اصفهان با استفاده از برنامه ریزی کسری با اهداف چندگانه است. یافته های این مطالعه نشان داد که به دلیل حداقل کردن استفاده از نهاده های مصرفی، درآمد حاصل از الگوی کشت برنامه ریزی کسری نسبت به کشاورزی متعارف کاهش می یابد و مشاهده می شود که الگوی کشت حاصل از برنامه ریزی کسری به سمت محصول تک کشتی سازگار با امکانات منطقه حرکت می کند. شاخص های پایداری حرکت در جهت استفاده کمتر از منابع سموم، کودها و آب مصرفی و نیز حرکت در جهت کشاورزی پایدار را تأیید می نماید. بنابراین تشویق و ترویج در زمینه کشاورزی ارگانیک، آگاه کردن بهره برداران از مزایای آن و حمایت دولت می تواند گامی مؤثر در جهت حرکت به سمت پایداری باشد.