یکی از مهم ترین بیمارگرهای گیاه دارویی آفتابگردان قارچ Sclerotinia sclerotiorum عامل پوسیدگی اسکلروتینیایی ساقه می باشد. در راستای کنترل بیولوژیکی بیماری و تولید محصول سالم، 20 جدایه باکتری از ریزوسفر آفتابگردان در منطقه ورامین جمع آوری و خالص سازی شد و توانایی آنتاگونیستی آن¬ها علیه S. sclerotiorum مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد جدایه های متعلق بهsubtilis Bacillusبا استفاده از روش کشت متقابل توانایی بازدارندگی قابل قبولی از خود نشان دادند. توانایی کنترلی دو جدایه باکتریایی (B1 و B2) به ترتیب 28/52 و 98/50 درصد بود. هم چنین این جدایه ها با تولید متابولیت های فرار توسط جدایه¬ی (B3) با 75/24 درصد و ترکیبات خارج سلولی توسط (B1) با 82/39 درصد بیشترین تاثیر در بازدارندگی از رشد میسلیوم را داشتند. در تمامی جدایه ها آزمون تولید پروتئاز و فسفاتاز مثبت بود. هیچ یک از جدایه ها سیانید هیدروژن تولید نکردند. نتایج بررسی های گلخانه ایی نشان داد استفاده از جدایه های (B2, B1 و B3) با تیمار خاک به طور مشخصی، به ترتیب ارتفاع (75/224، 41/229 و 11/215 سانتی متر)، وزن تر (41/398، 52/399 و 64/395 گرم) اندام های هوایی در بوته های آفتابگردان را افزایش داد و نسبت به کاربرد تیمار بذر موثرتر بود. لذا هدف از انجام این پژوهش جداسازی و شناسایی ریزوباکتری های موثر باسیلوس در کنترل بیولوژیک پوسیدگی اسکلروتینیایی گیاه دارویی آفتابگردان می باشد.