بیماری پوسيدگي اسکلرو تینیای ريشه، طوقه، ساقه و طبق از بیماری های مهم آفتابگردان می باشد. عامل بیماری Sclerotinia sclerotiorum (Lib) de Bary مي تواند، در مراحل مختلف رشد به گياه حمله كرده و خسارت سنگيني به اين محصول وارد سازد، در اين تحقيق امكان كنترل بيماري در مراحل اوليه رشد گياه با استفاده از كمپوست غني شده با ميكروارگانيسم هاي آنتاگونيست، بررسي شد. نخست در شرایط آزمايشگاه جدایه های باكتريایی شامل:16جدایه Bacillus subtilis و14جدایه fluorescen Pseudomonas و همچنین 10جدایه از قارچ های Trichoderma harzianumو Talaromyces flavus از ریزوسفر بوته های کلزا جدا‌سازي گرديدند. در مرحله بعد اثرات آنتاگونيستي آن ها روي عامل بیماری در آزمايشگاه به روش كشت متقابل بررسي گرديد. ازبین کل میکروارگانیسم ها تعداد 10 جدايه شامل 4 جدايه B. subtiils، 4 جدايه fluorescen P. ، 1 جدايه T. harzianum و 1 جدايه T. flavus برای آزمایشات گلخانه انتخاب و در كمپوست تكثير گرديد. تیمار های مزبور به خاك گلدان هاي آلوده به عامل بيماري اضافه شد و تاثير آن ها در كاهش آلودگي طوقه و شاخص هاي رشد گياه مورد ارزيابي قرار گرفت. نتايج نشان دادکه از نظر شاخص آلودگی کلیه تیمارها به استثنای B10 با 5 درصد آلودگی در مقایسه با شاهد آلوده با 45 درصد آلودگی اختلاف معنی دار داشته اند. از نظر وزن تر کل، کلیه تیمارها به استثنای Ps69 و Ps51 با 1/13 تا 2/9 گرم وزن تر در مقایسه با شاهد آلوده با 1/8 گرم وزن تر اختلاف معنی دار داشته ونسبت به آن برتر بودند. از نظر وزن خشک کل، کلیه جدایه های باسیلوسی با وزن خشک 6/3 تا 6/2 در مقایسه با شاهد آلوده با وزن خشک 97/1 گرم اختلاف معنی دار داشته وبر تر بوده اند. از نظر طول کل، کلیه تیمارها با طول کل 6/86 تا 1/76 سانتی متر به استثنای Tr6 با طول 3/73 با شاهد آلوده با طول کل 5/72 سانتی متر اختلاف معنی دار داشته و برتر بوده اند. بدین ترتیب ميكروارگانيسم ها با شاهد آلوده اختلاف معنی دار داشته اند و هم با شاهد سالم و باعث كاهش آلودگي گياه شده و از طرف ديگر مي توانند باعث افزايش رشد گياه شوند.