بیماری پوسيدگي اسکلرو تینیای ريشه، طوقه، ساقه و طبق از بیماری های مهم آفتابگردان می باشد. عامل بیماری Sclerotinia sclerotiorum (Lib) de Bary مي تواند، در مراحل مختلف رشد به گياه حمله كرده و خسارت سنگيني به اين محصول وارد سازد، در اين تحقيق امكان كنترل بيماري با استفاده از ميكروارگانيسم هاي آنتاگونيست، بررسي شد. نخست در شرایط آزمايشگاه جدایه های باكتريایی شامل:16جدایه Bacillus subtilis و14جدایه fluorescen Pseudomonas و همچنین 10جدایه از قارچ های Trichoderma harzianumو Talaromyces flavus از ریزوسفر بوته های کلزا جدا‌سازي گرديدند. در مرحله بعد اثرات آنتاگونيستي آن ها روي عامل بیماری در آزمايشگاه به روش كشت متقابل بررسي گرديد. ازبین کل میکروارگانیسم ها تعداد 10 جدايه شامل 4 جدايه B. subtiils، 4 جدايه fluorescen P. ، 1 جدايه T. harzianum و 1 جدايه T. flavus برای آزمایشات انتخاب و تكثير گرديد. نتايج آزمايش نشان داد كه اغلب جدايه هاي آنتاگونيست نتوانستند مانع آلودگي برگ بريده توسط عامل بيماري شوند. از بين باكتري ها تنها جدايه B10 توانست مانع آلودگي شود و از بين قارچ ها جدایه Tf.3 ، توانست از رشد عامل بیماری و علائم بیماری جلوگیری نماید.