سازمان بهداشت جهانی برآورد کرده است که بیش از 80 درصد جمعیت جهان در کشورهای در حال توسعه، به داروهای گیاهی برای نیازهای اساسی پزشکی وابسته هستند. تقریباً دو سوم 50000 گونه گیاهی دارویی متفاوت مورد استفاده وحشی هستند و تنها ده درصد گونه های دارویی بطور تجاری کشت می شوند (Vines 2012). نشانگرهای DNA در زمینه هایی نظیر تاکسونومی، فیزیولوژی، جنین شناسی، ژنتیک و غیره کاربرد دارند. تکنیک¬های مبتنی بر DNA به طور گسترده ای در تصدیق گونه های گیاهی مهم از نظر دارویی استفاده شده است. شرایط جغرافیایی، اجزای فعال گیاهان دارویی و از این رو الگوهای فعالیت را تحت تاثیر قرار می دهد. اکثر پژوهشگران تنوع جغرافیایی را در سطح ژنتیکی بررسی کرده اند. برآورد های تنوع ژنتیکی در طراحی برنامه های اصلاح گیاهان زراعی به منظور مدیریت ژرم پلاسم و راهبردهای حفاظت مهم می باشد. نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA به اصلاح گونه¬های گیاهان دارویی کمک می کنند. نشانگرهای DNA قابل اعتمادترند چون اطلاعات ژنتیکی برای هر گونه منحصر به فرد بوده و مستقل از عوامل محیطی و شرایط فیزیولوژیکی می باشد.