خاموشی ژنی به پديده کاهش بيان و يا توقف کامل بيان يک ژن (توالی DNA) و يا يک توالی RNA که قبلاً بيان می‌شده است، گفته می‌شود. در مهندسی ژنتیک به منظور اصلاح گیاهان برای افزایش کمی و کیفی محصولات گیاهی و ایجاد مقاومت به بیماری¬ها و آفات، از فناوری انتقال ژن¬های مطلوب استفاده می¬شود. در برخی موارد در فرایند انتقال این ژن¬ها به گیاهان، پدیده خاموشی ژن دیده می¬شود که ترانس ژن بیان نشده یکی از علل این پدیده است. پدیده خاموش شدن ژن نه فقط با استفاده از تکنیک انتقال ژن و یا بیان ژن انتقال یافته، بلکه به وسیله بیان موقتDNA ی ناقل¬های جیمنی ویروس و ناقل های ویروسی RNA القا می¬شود. دومین پدیده شگفت انگیز در طی آزمایشاتی که برای بهره برداری از مقاومت پاتوژن¬زاد در نظر گرفته شده، ظاهر گردید اين پديده اولين بار در گياهان کشف و خاموشی پس از رونويسی ژن ناميده شد. خاموشی ژنی در قارچ‌ها فرونشانندگی و در حيوانات تداخل RNA نام دارد. به‌طور کلی، پديده خاموشی ژنی در دو سطح قابل بررسی است: خاموشی ژنی در مرحله رونويسی و خاموشی ژنی پس از رونويسی. خاموشی در مرحله رونويسی از راه متيلاسيون پروموتر ژن صورت می‌گيرد. در اين عمل به کمک آنزيم متيل‌ترانسفراز، يک گروه متيل به محل 5 باز سيتوزين متصل می‌شود و از رونويسی ژن جلوگيری می‌کند. عناصر عمومی مهم و مشترک در خاموشی ژن شامل ملکول mRNA هدف، RNA دورشته‌ای و مجموعه تجزيه‌کننده پروتئين هستند. خاموشی ژن پس از رونويسی با ايجاد يک ملکول RNA دورشته‌ای آغاز می‌شود. سپس اين RNA دورشته‌ای به‌وسيله يک سامانه نوکلئازی، به‌نام دايسر، به قطعات کوچک‌تر و در حدود 21 تا 26 نوکلئوتيدی، تقسيم می‌شود که RNAهای کوچک تداخلی (small interfering RNA) نام دارند. سپس اين RNAهای کوچک در يک مجموعه ويژه، به‌نام RISC، جای می‌گيرند. اين مجموعه قادر است mRNA مکمل خود را شناسايی و تجزيه کند. خاموشی ژن از طريق پلاسمودسماتا به سلول‌های مجاور و از طريق آوند آبکش به سرتاسر گياه انتقال می‌يابد. RNAهای کوچک تداخلی نقش سيگنال‌های خاموشی را بر عهده دارند.