مدت هاست که مناظره بر سر ارزش کودها و روش های "ارگانیک" وجود دارد، و بسیاری دوست دارند تا روش های ارگانیک را در هیدروپونیک مورد استفاده قرار دهند. روش های ارگانیک مورد قبول در حال حاضر به ارگانیسم های خاک وابسته هستند که مواد "آلی" را به فرم های قابل استفاده گیاهی تبدیل می کنند. در هیدروپونیک ما مواد معدنی لازم برای رشد گیاهی را به طور مستقیم فراهم می کنیم، و نیاز به خاک و ارگانیسم های خاکی را حذف می کنیم.که نتیجه آن عبارت است از نرخ رشد، بازده و حتی کیفیت گیاهی بسیار بالاتر نسبت به روش های ارگانیک. این چیزی نیست که عده ای علاقه به شنیدن آن داشته باشند، اما یک حقیقت علمی ساده است. در حقیقت، موادی که برای استفاده تحت مقررات ارگانیک مجاز هستند، برای استفاده در محیط کشت هیدروپونیک از خلوص کافی بهره مند نمی باشند. مصرف کنندگان می خواهند محصولاتی را خریداری نمایند که توسط مواد شیمیایی خطرناک یا سموم آلوده نشده اند.در سراسر دنیا تقاضای زیادی در بین عموم برای روش هایی که به سیاره ما و خاک، آب یا اکوسیستم آسیب وارد نمی کنند وجود دارد. روش های کشاورزی هیدروپونیک اگر به صورت صحیح استفاده شوند با این مشخصات و ارزش ها همخوانی دارند. هیدروپونیک از خاک حفاظت می کند زیرا اصلا از خاک استفاده نمی نماید. آب کمتری برای محیط کشت هیدروپونیک مورد نیاز است، در نتیجه محصول بیشتری با استفاده از آب کمتری تولید می شود. کودهایی که برای هیدروپونیک استفاده می کنیم بسیار خالص بوده و هیچ باقی مانده ای در میوه ها و سبزیجات باقی نمی گذارند. از آنجایی که فن آوری های هیدروپونیک نسبت به روش های خاکی از بازده بالاتری برخوردار هستند، مردم بیشتری با استفاده از سطح کشت کمتر و اثرات اکولوژیکی کمتری سیر می شوند.