مناطق حفاظت شده در قالب پناهگاه های حیات وحش ، پارک های ملی و آثار طبیعی ملی و.... از مناطق تحت مدیریت سازمان حفاظت محیط زیست می باشند که از دیر باز به منظور حفظ تنوع زیستی و ژنتیکی ،آموزش و پزوهش ،تفرج و توریسم و... مورد حمایت و توجه همگان و به ویژه سازمان حفاظت محیط زیست بوده اند.
این مناطق با قدرت و تنوع اقلیمی ،گونه ای ،زیستگاهی و اکوسیستمی نسبتاً خوبی در استان اصفهان وجود دارند که به دلیل وسعت و پراکندگی در سطح استان اهمیت آن را دو چندان می نماید.متأسفانه در برخی موارد از قبیل عبور راههای ارتباطی ، بزرگراهها، توسعه شهری و روستایی ،چرای بی رویه ،وجود برخی معادن و توسعه شهرها و شهرکهای صنعتی ،می تواند از عوامل تخریب یا تهدید این مناطق باشد که در مقاله حاضر ضمن بررسی موارد یاد شده به راهکارهای ممکن در راستای رفع و یا کاهش آنها پرداخته شده است.