گرفتگی قطره¬چکان¬ها از مهمترین مشکلات پیش روی سامانه¬های آبیاری قطره¬ای می¬باشد. فیلتراسیون در حقیقت یکی از اجزای اصلی سامانه¬های آبیاری قطره¬ای برای جلوگیری از گرفتگی قطره¬چکان¬ها است. یک مجموعه فیلتراسیون اولیه که در یک سامانه آبیاری قطره¬ای بکار برده می¬شود شامل فیلتر شن و فیلتر توری می¬باشد که عمل شستشوی معکوس باید به¬صورت صحیح و به موقع انجام پذیرد. برای بررسی مدیریت و نحوه اجرای دستگاه¬های تصفیه واحدهای کنترل مرکزی هشت سامانه آبياري قطره¬اي اجرا شده در سطح کشور که از نظر شرايط آب و هوايي متفاوت بودند در نظر گرفته شد. با در نظر گرفتن کيفيت آب قبل و بعد از واحد کنترل مرکزی، عملکرد دستگاه¬های تصفیه موجود و مشکلات و مدیریت بهره¬برداری آنها مورد ارزیابی قرار گرفت. با توجه به كيفيت آب ورودي و هم¬چنين وجود استخر ذخيره در مسير انتقال برخی از واحدها، ضرورتي به استفاده از هيدروسيكلون در آنها نبود. زمان شستشو و تمیز کردن دستگاه¬های تصفیه براساس اصول و قواعد استاندارد اجرا نمی¬شد. اصول صحیح کاربرد تانک کود ازجمله نحوه تزریق و نوع کود مصرفی و زمان تزریق رعایت نمی¬شد. عدم نصب فشارسنج‌هاي لازم در نقاط مورد نياز و هم¬چنين عدم وجود شير‌هاي هوا در برخي واحدها، در امر بهره‌برداري صحيح از ايستگاه موثر بود. در هيچ¬كدام از سامانه¬ها، از طرف سازندگان تجهيزات دوره‌هاي آموزشي جهت بهره‌برداري و نگهداري صحيح از دستگاه¬ها براي بهره‌برداران برگزار نشده بود. در هیچ¬کدام از سامانه¬ها اقدامات پیش¬گیرانه براساس پتانسیل گرفتگی شیمیایی و بیولوژیکی شامل تزریق اسید و کلز زنی به¬دلیل عدم آموزش صورت نمی¬گرفت.