رودخانه كر يکي از منابع آبي با ارزش در استان فارس بوده که از نظر زيست محيطي و اقتصادي از شرايط و ارزش بالايي برخوردار و با تهديدهاي جدي از جمله ورود پساب‌هاي خروجي از تصفيه‌خانه شهر مرودشت، فاضلاب كارخانه‌ قند، پساب خروجي از مجتمع پتروشيمي شيراز، فاضلاب شهر زرقان، زه آبهاي كشاورزي، زباله‌هاي شهري و فاضلاب صنايع غذايي مسقر در اطراف آن مواجه گرديده است. در اين پژوهش به منظور آگاهي از روند تغيير‌ها و پيش‌بيني كيفيت آب رودخانه كر با توجه به طرح‌ها و برنامه‌هاي آينده توسعه شهري، كشاورزي و صنعتي، از نرم افزار QUAL2K استفاده گرديده است. تعداد 7 موقعيت مناسب به منظور انجام نمونه‌برداري در بازه پايين‌دست سد درودزن تا درياچه طشك-بختگان تعيين محل گرديد. پارامترهاي دماي آب، قابليت هدايت الکتريکي، اکسيژن محلول، اکسيژن خواهي بيوشيميايي، نيتروژن نيتراتي، نيتروژن آمونياكي و اسيديته، در دو ماه شهريور و اسفند كه به‌ترتيب كم‌آب ترين و پرآب‌ترين ماه‌هاي سال در منطقه مورد مطالعه هستند. شبيه‌سازي انجام شده به‌وسيله مدل در مورد پارامتر اکسيژن خواهي بيوشيميايي نشان مي‌دهد كه ميزان آن در شهريور ماه به علت ورود فاضلاب‌هاي شهري، روانابهاي کشاورزي و فاضلاب مجتمع پتروشيمي شيراز، نوسانات بيشتري را نسبت به اسفند ماه دارد. كمينه BOD شبيه‌سازي شده توسط مدل در اسفندماه 7/3 و بيشينه آن 0/8 ميلي‌گرم در ليتر است که اين مقادير در شهريور ماه بين 0/4 تا 7/16 ميلي‌گرم در ليتر شبيه‌سازي شده است. ميزان اکسيژن محلول در رودخانه كر با توجه به نتايج واقعي و نتايج مدل، نسبتا بالا مي‌باشد (هميشه بيشتر از 6 ميلي‌گرم در ليتر) که نشان از ظرفيت خودپالايي بالاي اين رودخانه دارد. هم‌چنين مي‌توان گفت كه pH رودخانه كر عموما قليايي، و تقريبا يکسان است. مقايسه مقادير شبيه‌سازي شده به‌وسيله‌ي مدل QUAL2K با داده‌هاي واقعي نشان مي‌دهد كه مي‌توان براي بررسي‌هاي كيفي و مديريت كيفيت آب رودخانه كر از اين مدل استفاده كرد. به‌علاوه، قسمت مياني مسير كه فاضلاب مجتمع پتروشيمي شيراز و فاضلاب شهرهاي مرودشت و زرقان به آن وارد مي‌شود، بيشترين بار آلودگي را تحمل كرده و كيفيت آب رودخانه كر در آن بدترين وضعيت را داشته است.