رودخانه ارس یکی از رودخانه¬هاي مهم مرزی کشور محسوب مي¬گردد. پتانسيل بالاي رودخانة ارس موجب توسعة قابل توجه فعاليت‌هاي كشاورزي، شرب و صنعت در منطقه شده و در نتيجة اين فعاليتها، آلاينده‌هاي مختلفي نيز به سيستم رودخانه‌اي افزوده شده است. لذا با توجه به اهميت این رودخانه بررسی وضعیت کیفی آن ضروریست. در اين تحقيق ابتدا وضعیت کیفی این رودخانه مورد بررسی قرار گرفته و پارامترهای کیفی آنها مورد آنالیز قرار گرفته‌اند، سپس عوامل عمده تأثيرگذار بر کيفيت آب رودخانه ارس شناسايي و تاثیرشان بر وضعیت کیفی رودخانه بررسی شده است. رده‌بندي منابع آلاينده حوضه ارس نشان ميدهد که منابع آلاينده صنعتي بیشترین اهمیت را داشته و سپس منابع فاضلابهاي ناشي از مناطق شهري و روستائي و در آخر زه‌آبهاي زراعي. بررسی ها نشان می دهد بر عکس همسايگان شمالي، بخش جنوبي رودخانه که شامل کشورمان مي‌باشد به غیر از شاخه قطورچای، فاقد منابع آلاينده قابل توجه و با تأثير‌گذاري شديد بر رودخانه مي‌باشد و مهمترين نقاط آلاينده در اين بخش شهر جلفا و شاخه آلوده قطور‌چاي مي‌باشد. شاخه آلوده مغري‌چاي از کشور ارمنستان و شاخه پاک حاجيلرچاي از ايران وارد رود ارس ميگردد. بنابراین عامل اصلي نزول کيفي اين رودخانه، پساب‌هاي شهري و صنعتي ناشي از همسايگان شمالي بويژه ارمنستان ميباشد. بررسی عوامل تأثير گذار صنعتی نشان ميدهد که حوضه آبريز ارس در سطح محدوده مطالعاتي واقع در کشور فاقد صنايع آلاينده تأثيرگذار بر کيفيت آب رودخانه بوده و صنايع آلاينده عمدتاً در کشورهاي ارمنستان و آذربايجان مستقر ميباشد که مهمترين آنها زه‌آبهاي معادن مس و موليبدن آگاراک مي‌باشد. از مناطق شهري تأثير‌گذار بر کيفيت آب ارس، شهر مغري ارمنستان مي‌باشد که بواسطه شرايط توپوگرافي و مشرف بودن اين شهر بر رودخانه، فاضلابهاي خانگي و روان‌آبهاي سطحي آن که حاوي فاضلاب شهر مغري و روستاي ليچک بوده و از آلودگي بالايي برخوردار است به راحتي وارد رودخانه می گردد. مناطق مسکوني و زراعي کشور آذربايجان، بويژه مناطق مسکوني جلفا و يامچي نیز از تأثير زیادی بر کيفيت آب ارس دارند. در نهايت پس از مشخص شدن نوع آلودگی ها و منشاء آنها جهت کاهش آلودگی و افزایش توان خودپالایی رودخانه پيشنهادهايي ارايه گشته است.