پیش بینی وضعیت رودخانه ها در قبال ورود آلاینده ها به آن ها جهت کاهش خسارات وارد بر مناطق شهری ، روستایی ، مزارع و غیره از اهمیت ویژه ای برخوردار می باشد.از طرفی اثرات تخریبی انسان در محدوده حریم و بستر رودخانه هاي کشور به شکلهاي گوناگون رخ داده که شدت و ضعف آن در رودخانه هاي مختلف متفاوت میباشد. لذا شبیه سازي رفتار هیدرولیکی و کیفی رودخانه ها، براي پیشبینی خسارات ناشی از ورود آلاینده ها در شرایط مختلف، اجراي طرحهاي مهندسی رودخانه، و دیگر مطالعات وابسته به ساماندهي رودخانه ها ضرورت دارد.هدف از این تحقیق مدل کردن رودخانه کارون واقع در استان خوزستان در نرم افزار MIKE11 و شبیه سازی کیفی این رودخانه می باشد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان میدهد که مدل MIKE11میتواند مقادیر عددي مناسبی را جهت مطالعه خصوصیات هیدرولیکی و کیفی جریان در رودخانهها ارائه دهد و جهت پیش بینی وضعیت کیفیت آنی رودخانه ها با دقت بالا و هزینه اندک مورد استفاده قرار می گیرد.