آفات و بیماری‌ها نقش مهمی را در تخریب عرصه منابع طبیعی خصوصاً گونه‌های نادر ایفا می‌کنند. جهت جلوگیری از خسارت آفات و بیماری‌ها به دست آوردن اطلاعات کافی خصوصاً شناسایی دقیق این عوامل ،امری بدیهی و اجتناب ناپذیر است این تحقیق در منطقه اثر طبیعی لاله واژگون طی سال های1393-1392 در استان چهارمحال و بختیاری به اجرا درآمد. طبق مأموریت‌های مختلف به فاصله زمانی هرهفته از ابتدا تا پایان فصل رویش لاله واژگون نسبت به بازدید از منطقه اقدام گردید. ضمن پیمایش صحرائی در عرصه، حشرات و سایر بندپایان خسارت زا بر روی لاله واژگون جمع آوری شد و شناسائی گردید. هم زمان به منظور شناسایی عوامل بیماری‌زا از لاله هائی که علائم مشکوک به بیماریهای گیاهی در آن‌ها مشهود بود نمونه‌برداری به عمل آمد. نمونه‌ها پس از انتقال به آزمایشگاه طبق روش‌های معمول کشت داده شد و پس از خالص سازی نسبت به شناسائی عوامل بیماری‌زا اقدام شد. نتایج به دست آمده نشان داد لاله واژگون نیز دارای آفات و بیماری‌های خاص خود است که هر ساله خسارت قابل توجهی را بروی این گونه ارزشمند ایجاد می‌کنند. مهم‌ترین آفات و بیماری های شناسایی شده به تفکیک گونه در منطقه مورد مطالعه عبارتند از:
Liliocerus faldermani Thrips tabaci, Liothrips vaneeche, Aulacorthum ircumflexum, Aphis gossypi, Tetranychus urticae, Spodoptera exiqua, Epicometis hirta, Oxythyrea cinctella, Potosia cuprea, Cetonia aurata, Meriones persicus, Talpa sp, Fusarium oxysporum, Puccinia sp, Botrytis elliptica, Meloidogyne javanica,