تعیین تعداد مناسب تکرارهای زنجیره مارکوف مونت‌کارلو (MCMC) یکی از عوامل مهم در اجرای مدل‌های بیزی برای پیش‌بینی ژنومی است، زیرا افزایش طول زنجیره می‌تواند هزینه محاسباتی را افزایش دهد، در حالی که زنجیره‌های کوتاه ممکن است برآوردهای ناپایدار ایجاد کنند. پژوهش حاضر با هدف بررسی تأثیر تعداد تکرارهای MCMC بر صحت پیش‌بینی ژنومی با استفاده از مدل بیز A انجام شد. جمعیت شبیه‌سازی‌شده شامل پنج کروموزوم، 5000 نشانگر چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) و 250 جایگاه صفات کمی (QTL) بود و وراثت‌پذیری صفت 0.20 در نظر گرفته شد. پیش‌بینی ارزش‌های اصلاحی ژنومی با استفاده از مدل بیز A و نمونه‌گیری گیبس در چهار سطح 1000، 10000، 30000 و 50000 تکرار MCMC انجام شد. برای هر سطح، 20 اجرای مستقل انجام گرفت و 10 درصد ابتدایی زنجیره به‌عنوان دوره سوخته حذف شد. صحت پیش‌بینی با استفاده از ضریب همبستگی پیرسون (PCC) بین ارزش اصلاحی واقعی (TBV) و ارزش اصلاحی ژنومی (GEBV) ارزیابی شد. میانگین PCC در سطوح 1000، 10000، 30000 و 50000 تکرار به‌ترتیب 5035/0، 5115/0، 5104/0 و 5102/0 بود. اگرچه افزایش توصیفی PCC از 1000 به 10000 تکرار مشاهده شد، تجزیه واریانس نشان داد که اثر تعداد تکرارهای MCMC بر صحت پیش‌بینی معنی‌دار نبود. در مجموع، در شرایط شبیه‌سازی‌شده این مطالعه، افزایش تعداد تکرارهای MCMC از 1000 تا 50000 تغییر معنی‌داری در صحت پیش‌بینی ایجاد نکرد و افزایش تعداد تکرارها در سطوح بالاتر، بهبود قابل توجهی در PCC به همراه نداشت.