نماتدهای ریشه‌گرهی از مهم‌ترین عوامل خسارت‌زای محصولات کشاورزی در جهان هستند که سالانه میلیاردها دلار زیان اقتصادی به بخش کشاورزی وارد می‌کنند. درک سازوکارهای مولکولی حاکم بر برهمکنش گیاه-نماتد، به‌ویژه مسیرهای ترارسانی پیام، برای توسعه راهکارهای نوین مدیریت پایدار این آفت ضروری است. سیستم ایمنی گیاهان در برابر این نماتدها شامل دو لایه دفاعی اصلی است: ایمنی القایی توسط الگو که با شناسایی الگوهای ملکولی مرتبط با نماتد مانند آسکاروزید ۱۸ توسط گیرنده سطحی NILR1 آغاز می‌شود و ایمنی القایی توسط اثرگر که با شناسایی پروتئین‌های اثرگر توسط گیرنده‌های درون‌سلولی NLR فعال می‌گردد. هورمون‌های گیاهی نقش محوری در این برهمکنش ایفا می‌کنند. اکسین به عنوان ابزار اصلی نماتد برای بازبرنامه‌ریزی رشدی سلول‌ها و ایجاد سلول‌های غول‌آسا عمل می‌کند، در حالی که مسیر جاسمونیک اسید به¬عنوان یکی از اصلی‌ترین خطوط دفاعی گیاه محسوب می‌شود. سالیسیلیک اسید نیز با نقشی دوگانه، شبکه تنظیمی را پیچیده‌تر می‌سازد. مهم‌ترین ابزار نماتد برای غلبه بر سیستم دفاعی گیاه، پروتئین‌های اثرگر هستند که از غدد مری ترشح شده و از طریق استایلت به درون سلول‌های گیاه تزریق می‌شوند. اثرگر MiISE23 از M. incognita با اتصال به پروتئین‌های JAZ و جلوگیری از تخریب آن‌ها، مسیر سیگنالینگ جاسمونیک اسید را مهار می‌کند. اثرگر Mj-MSP18 نیز با اختلال در کمپلکس FLS2-BSK7/8، تولید گونه‌های فعال اکسیژن را کاهش می‌دهد. درک عمیق این سازوکارهای مولکولی، چشم‌اندازهای امیدوارکننده‌ای برای مدیریت پایدار نماتد فراهم آورده است که شامل ویرایش ژنوم با CRISPR/Cas9، هرمی‌سازی ژن‌های مقاومت، شناسایی بیومارکرهای مقاومت و طراحی مهارکننده‌های اختصاصی اثرگرها می‌شود. رویکردهای تلفیقی مبتنی بر دانش مولکولی، آینده مبارزه با این آفت مخرب را شکل خواهند داد.