پروتئین-کیناز (SAPKs) در گیاه برنج یک آنزیم کیناز است که گروه OH در اسیدآمینه¬های سرین و ترئونین را فسفریله می¬کند. این آنزیم¬ها از خانواده ترانسفرازها بوده و در فسفریلاسیون پروتئین در بسیاری از فرآیندهای سلولی نقش دارد. هم چنین این آنزیم ها اهمیت فراوانی در تغییرات پس از رونویسی مانند گلیکوریلاسیون دارند. تعیین ساختار پروتئین یکی از مسائل مهم در حوزه بیوانفورماتیک و شیمی تئوری است. نتایج حاصل از Blastp توالی پروتئین SAPKs در گیاه برنج با سایر پروتئین ها در سایت NCBI نشان داد که توالی پروتئینی گیاه نیشکر بیشترین قرابت را با پروتئین-کیناز دارد و 85% هم پوشانی دارد بنابراین از لحاظ ساختاری نیز شبیه این پروتئین در برنج است. برای تعیین ساختار سه بعدی پروتئین SAPKs، توالی پروتئین از سایت NCBI دریافت شده و پس از همردیفی با سایر پروتئین¬هاساختار سه بعدی پروتئین، با استفاده از نرم افزار SWISS MODEL پیش بینی شده و مارپیچ آلفا و صفحات بتا در نرم افزار Pymol مشخص گردید.