میکروارگانیسم ها موجودات میکروسکوپی هستند که با توجه به ساختارشان کاربردهای مختلفی از جمله تخمیر، تولید زیست توده میکروبی، مدیریت پسماند، تولید پروتئین، تولید ویتامین، رنگدانه های غذایی در صنایع غذایی دارند. در حال حاضر، پیشرفت‌های علم و فناوری منجر به درک بهتر نقش میکروارگانیسم‌ها و فرآورده‌های جانبی آنها در تقویت حسی، کیفیت‌های تغذیه‌ای و تکنیک‌های تولید محصولات غذایی شده است. این امر منجر به استفاده گسترده از این موجودات کوچک در صنایع غذایی به خصوص درتولید محصولات لبنی شده است. نگهداری غذا با استفاده از میکروارگانیسم ها یا متابولیت های ضد میکروبی آنها را حفظ بیولوژیکی یا حفاظت بیولوژیکی می نامند که جدیدترین کاربرد میکروارگانیسم ها در صنایع غذایی می باشد. میکروارگانیسم ها در همه جا وجود دارند و به عبارتی زندگی روزمره با میکروارگانیسم ها در هم تنیده شده است بنابراین ارزیابی ایمنی میکروارگانیسم‌های موجود در مواد غذایی بسیار مهم است، زیرا می‌تواند به جلوگیری از شیوع بیماری‌های انتقالی و بهبود سلامت عمومی جامعه کمک کند. در این راستا، سازمان‌های بهداشتی و دارویی مختلف در سراسر جهان، ارزیابی ایمنی میکروارگانیسم‌های موجود در مواد غذایی را به عنوان یکی از وظایف اصلی خود قرار داده‌اند.