کفیر یکی از نوشیدنی های محبوب بر پایه شیر و با فلور میکروبی بسیار متنوع شامل باکتری ها و مخمرها می باشد. دانه های کفیر، نمونه همزیستی بین مخمرها و باکتری ها هستند. سال ها است که از این دانه ها برای تولید کفیر استفاده می شود. گونه های وسیعی از مخمرها و باکتری ها در دانه های کفیر شناسایی شده اند. جنس لاکتوباسیلوس، فراوان ترین میکروارگانیسم در طی دوره تخمیر می باشد. علاوه بر لاکتوباسیلوس، سایر باکتری های اسید لاکتیک شامل سویه های لوکونوستوک، لاکتوکوکوس و استرپتوکوکوس نیز به طور متداول در کفیر یافت شده اند. باکتری های گرم منفی استوباکتر در کفیر مشاهده شدند. مخمرهای شناسایی شده در دانه های کفیر، متعلق به سویه های کلویورامایسس، کاندیدا ترولاسپورا، پیشیا، کریپتوکوکوس، دباریومایسس، کازاچستانیا، لاچانسیا، زیگوساکارومایسس، تریچوسپوران و ساکارومایسس ها هستند.