وجود تنوع ژنتيكي براي تداوم و پيشرفت برنامه¬هاي به¬نژادي گياهان زراعي و افزايش كارايي انتخاب ضروری است. در اين راستا نشانگرهاي مولكولي بطور موفقيت¬آميز در ارزيابي تنوع ژنتيكي انواع گياهان زراعي مورد استفاده قرار گرفته¬اند. در این مطالعه 35 ژنوتیپ از توده¬های گندم نان خاورمیانه و ارقام اصلاح شده با استفاده از سه آغازگر ISSR ارزیابی شدند. باندها برای تشکیل ماتریس صفر و یک بر مبنای حضور و عدم حضور رتبه بندی شدند. داده‌های حاصل توسط نرم افزار NTSYS مورد تجزیه قرار گرفت. از 104 باند تولید شده، 103 باند چند شکل بوده و درصد چند¬¬شکلی کل 99 درصد محاسبه گردید. آغازگرهای 20 و 18 دارای چند شکلی مطلوب و درصد چندشکلی 100 درصد را نشان دادند و آغازگر 15 نیز دارای درصد چند شکلی 97 درصد بود. تجزیه کلاستر بر اساس داده‌های نشانگرISSR ارقام مورد بررسی در سه گروه قرار گرفت. قرار گرفتن ارقام مشابه در یک گروه و ارقام دارای فاصله ژنتیکی در گروه¬های متفاوت به اصلاح گران گندم امکان خواهد داد تا رقم‌های مناسب به عنوان والد تلاقی جهت استفاده در پروژه های اصلاحی را به راحتی شناسایی نمایند. با استفاده از ضریب تشابه جاکارد، کمترین شباهت ژنتیکی 22 درصد و بیشترین شباهت ژنتیکی 70 درصد بین دو لاین 25 و 26 مشاهده شد.