در این تحقیق به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 30 ژنوتیپ سیر پس از استخراج DNA، از 10 جفت آغازگر SSR استفاده گردید. ده جفت آغازگر SSRدر کل 23 باند تولید نمود که19 تای (83%)آن چند شکل بود. متوسط تعداد باند چند¬شکل به ازای هر جفت آغازگر2.11 بود. میانگین محتوای اطلاعات چند شکلی( PIC )برای همه نشانگرها ، 46/. بدست آمد. از بین آغازگرهای SSR بیشترین محتوای اطلاعات چندشکلی مربوط به جفت آغازگرهایAsa-04 و Asa-07 (76/. و70/.)و بیشترین شاخص نشانگر را جفت آغازگر Asa-04 (2.28) تشکیل داد. تجزیه خوشه ای با نرم افزار NTSYS به روش UPGMA و ماتریس تشابه دایس ژنوتیپ های سیر را به چهار گروه تقسیم نمود. در مجموع نتایج حاصل از گروه بندی این آغازگرها با گروه بندی تجزیه مولفه های اصلی مطابقت کامل داشت. نتایج این تحقیق نشان داد که نشانگر SSR يك نشانگر قابل اطمينان براي آشكارسازي سطح بالايي از چندشكلي است و از اين رو می¬تواند ابزار مفيدي براي بررسي تنوع ژنتيكي ژنوتیپ های سیر در مطالعات اصلاحي آينده باشد.