در راستای کشاورزی پایدار با توجه به افزايش قيمت كودهاي شيميايي و پايدار نبودن حاصلخيزي خاك، اختلال در فعاليت بيولوژيك، همچنين كاهش تثبیت بيولوژيك نيتروژن و ديگر عناصر غذايي بر اثر كاربرد مكرر كودهاي شيميايي، لازم است مصرف اين كودها به تدريج كاهش و كودهاي آلي به طور نسبي جايگزين آن¬¬ها شوند. لذا این مطالعه به منظور بررسی تاثیر کودهای آلی برتنفس و کربن زیست توده میکروبی در قالب طرح کاملا تصادفی با آرایش فاکتوریل اجرا گردید. این آزمایش در دو سطح شوری خاک به ترتیب با هدایت الکتریکی 4/2 و5/7 شامل سه تیمار کودی ( شاهد، کود گاوی و کود کمپوست قارچ) در یک دوره انکوباسیون 90 روزه با سه تکرار بود. کودهای آلی به هر گلدان معادل 50 تن در هکتار اضافه شد. نتایج این بررسی نشان داد که تفاوت بین تیمارهای شاهد، کود گاوی و کمپوست قارچی برای تنفس و زیست توده میکروبی در خاک های مورد مطالعه در سطح 05/0 معنی دار بوده و استفاده از کودهای آلی موجب افزایش معنی دار میزان تنفس و کربن زیست توده میکروبی در خاک شد.