تنوع ژنتیکی به عنوان مهمترین عامل در انتخاب یک فرد از اهمیت فراوانی برخوردار است. پیشرفت¬های اخیر در کاربرد واکنش زنجیره¬ای پلی¬مراز (PCR) امکان امتیازدهی افراد را در تعداد زیادی جایگاه میسر ساخته است. روش¬های مولکولی متفاوتی برای شناسایی تفاوت¬های ژنتیکی موجودات در دسترس می¬باشد که استفاده از نشانگرهای مولکولی DNA ابزار قدرتمندی در این زمینه به شمار می¬آید. در این تحقیق تنوع ژنتیکی 24 ژنوتیپ ناخنک با استفاده از 10 آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفت. پس از استخراج DNA ژنومی، نمونه¬های محلول تحت واکنش زنجیره¬ای پلیمراز (PCR) قرار گرفت و سپس بر روی ژل آگارز 5/2 درصد الکتروفورز گردید. مجموع آغازگرها 98 باند قابل امتیازدهی تولید کردند که 87 باند آنها چندشکل بود. متوسط تعداد باند چند¬شکل به ازای هر آغازگر 7/8 برآورد گردید. میانگین محتوای اطلاعات چندشکلی (PIC) و شاخص نشانگر (MI) به ترتیب 644/0 و 153/6 محاسبه شد. آغازگرهای شماره 13 و 22 بیشترین محتوای اطلاعات چندشکلی و شاخص نشانگر را داشتند. پس از امتیازدهی باندهای DNA، دندروگرام¬های تجزیه خوشه¬ای با نرم¬افزار NTSYS ترسیم گردید که دندروگرام ماتریس تشابه دایس به روش میانگین فواصل (UPGMA) با داشتن بالاترین ضریب کوفنتیک (r) ژنوتیپ¬های ناخنک را به سه گروه تقسیم¬بندی کرد. گروه اول شامل ژنوتیپ¬های جمعیت شورآباد صغیر و قادرآباد، گروه دوم شامل ژنوتیپ¬های جمعیت ورزنه و چهارمحال و گروه سوم شامل ژنوتیپ¬های جمعیت پاکان بذر بود. بیشترین شباهت با 96 درصد تشابه بین دو ژنوتیپ از رویشگاه دوم جمعیت قادرآباد دیده شد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه¬ای با گروه¬بندی تجزیه مولفه¬های اصلی مطابقت داشت. در مجموع نتایج نشان داد که نشانگر ISSR ابزار مناسب و موثری در ارزیابی تنوع ژنتیکی ژنوتیپ¬های ناخنک میباشد.