گیاه خیارآب پران یکی از ذخایرمهم دارویی در دنیا محسوب می‌شود. ازآنجایی‌که تنوع ژنتیکی این گیاه در مطالعه های جهانی برسی نشده لذا در تحقیق حاضر تنوع ژنتیکی سه اکوتیپ خیارآب پران با استفاده از نشانگرهای ISSR موردبررسی قرار گرفت. استخراج DNA از نمونه های برگی جوان با استفاده از روش CTAB انجام شد. محصولات ISSR بر اساس حضور (1) و غیاب (0) در هر پرایمر امتیازدهی شدند. برای ارزیابی شباهت ژنتیکی میان نمونه ها از تجزیه خوشه‌ای با روش جاکارد استفاده گردید. آغازگر P13 بیش‌ترین چندشکلی (46%) را بین آغازگرها تولید کرد. تجزیه واریانس مولکولی توده های خیار آب پران نشان داد که واریانس بین اکوتیپ ها (20/68) کمتر از واریانس درون اکوتیپ ها (10/07) بوده است. کم‌ترین شباهت ژنتیکی بین دو نمونه بیله سوار- گرمی دیده شد. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی نیز نمونه ها را در سه گروه دسته‌بندی کرد.