رودخانه هراز یکی از رودخانه های مهم حوزه جنوبی دریای خزر می باشد. در این پژوهش، فیتوپلانکتون های رودخانه هراز در6 ایستگاه، در تابستان 1393 در مسیری به طول 140کیلومتر مورد بررسی قرار گرفتند. نمونه های آب جمع آوری شده، با استفاده از روش قطره ای توسط میکروسکوپ نوری مدل Olmpus با دوربین Cellpad مطالعه شد. مجموعا 4 شاخه Bacillariophyta Chlorophyta, Cyanophyta, و Euglenophyta با 41 جنس شناسایی شد که رده باسیلاریوفیسه با20 جنس و 78/48% دارای بیشترین تنوع، و رده های کلروفیسه با 14 جنس و 14/34%، سیانوفیسه با 5 جنس 19/12% و یوگلنوفیسه با 2 جنس و 87/4% در رده های بعدی قرار گرفتند. دو جنس Navicula و Synedra در همه ایستگاه ها مشاهده شدند. رودخانه هراز پذیرنده انواع فاضلاب های شهری،کشاورزی و استخر پرورش ماهی است. نتایج حاصل از بررسی ها نشان داده است که هر چه از بالا دست رودخانه با ارتفاع بالا و دمای پایین، به سمت پایین دست رودخانه با ارتفاع کم و دمای بالاتر، نزدیک شدیم از نسبت فراوانی شاخه باسیلاریوفیتا کاسته شد. بیشترین تنوع در مصب دیده شد که علت آن وجود مواد مغذی بیشتر، دمای بالاتر و سرعت کمترجریان آب بوده است. مصب تنها ایستگاهی بود که هر چهار شاخه جلبکی در آن مشاهده شد. بعد از مصب، بیشترین تنوع در ایستگاه شماره (3) دیده شدکه بعد از استخر پرورش ماهی قرار گرفته بود. تنوع فیتوپلانکتونی ایستگاه شماره (5) نسبت به بقیه از میزان کمتری برخوردار بود. این ایستگاه بعد از معادن شن و ماسه و عملیات سد سازی قرار گرفته بود. کدورت آب می تواند عاملی برای کاهش تنوع جلبکی این ایستگاه باشد.