مطالعات بعمل آمده در خصوص آلودگی هوای شهر های بزرگ بيانگر آن است که بیشترین درصد آلودگی هوامربوط به سيستم حمل و نقل می باشد. با توجه به مصرف سوخت های فسيلی در کشور به عنوان منبع تامين انرژی خودروها,يکی از راهکار های حذف و کاهش آلودگی را مي توان در بهبود کيفيت سوخت و استفاده از سوخت های با آلودگی کمتر يافت. در اين مقاله به مقایسه آلایندگی سوخت بیو دیزل در بین سوختهای جایگزین پرداخته شده است. نتایج نشان دادند که کمترین میران مونوکسید کربن به ترتیب بیودیزل- CNG -گازوئیل- LPG –بنزین دارا می باشد. و همچنین کمترین میزان هیدروکربنهای نسوخته به ترتیب مربوط به بیودیزل- گازوئیل - CNG - LPG –بنزین می باشد.و همچنین در راستاي جبران كاهش منابع انرژي فسيلي و توسعة انواع انرژي پايدار و كمك به بحران آلودگي محيط زيست بيوديزل به عنوان يكي از انواع سوختهاي زيستي تجديدپذير پیشنهاد مي شود.