پیل¬های سوختی میکروبی، به عنوان بایو¬ راکتور¬هایی مطرح می¬باشند که انواع سابستریت را از گونه¬های خالص گرفته تا پساب کارخانه¬ها به انرژی الکتریکی تبدیل می¬کنند. قرارگیری این سیستم¬ها در شرایطی بهینه و پایدار، کاربرد تجاری آن¬ها را به عنوان یک منبع انرژی امکان¬پذیر می¬سازد. در این تحقیق راه اندازی یک پیل سوختی میکروبی در دو حالت پیوسته و نا-پیوسته مورد بررسی قرار گرفت. در سیستم ناپیوسته 6 روز بعد از راه¬اندازی، رفتار پیل تغییر چندانی نکرد و به حالت پایدار خود رسید. همچنین ماکزیمم ولتاژ تولیدی 560 میلی¬ولت بود. در حالیکه در سیستم پیوسته بعد از 3 روز، پیل به حالت پایدار و میزان ولتاژ تولیدی 620 میلی¬ولت رسید. همچنین با کاهش میزان درصد بافر خوراک ورودی در سیستم پیوسته از 50 به 5 درصد، توان تولیدی اندکی افزایش نشان داد و از 90 به 107 میلی¬وات بر متر مربع رسید که از لحاظ اقتصادی و جایگزینی بخش عمده خوراک ورودی از پساب، مقرون¬ به ¬صرفه می¬باشد.