بیودیزل یک سوخت متشکل از استرهای مونوآلکیل می باشد که به طور معمول از روغن های گیاهی یا چربی های حیوانی مشتق شده است. اما دانه های گیاهی و یا روغن خالص ، گرانقیمت هستند و بین 70 % و 85٪ از هزینه کلی تولید بیودیزل را تشکیل می دهند.در حال حاضر افزایش بی سابقه ای در علاقه و تقاضا برای تولید بیودیزل و سوخت های دیگر از زیست توده های تجدید پذیر بوجود آمده است . لجن فاضلاب شهری در حال کسب جایگاه ویژه ای در ایالات متحده و در سراسر جهان به عنوان خوراک اولیه این چربی برای تولید بیودیزل است. لجن فراوان است و شامل غلظت های قابل توجهی از چربی است که می تواند تولید بیودیزل از لجن را سودآور نماید. با این حال، چالش های تولید بیودیزل از لجن ضایعات وجود دارد. تعیین بهترین روش برای جمع آوری اجزای مختلف و تصفیه آنها برای استخراج چربیِ حداکثر، یک چالش بزرگ است. برای سرعت بخشیدن به تولید بیودیزل، کو سالونتها و اختلاط با برش بالا ارائه شده اند. با این وجود، اطلاعات بسیار کمی در مورد روشهای مقرون به صرفه افزایش حلالیت چربی وجود دارد.برای افزایش تولید بیودیزل،پیشنهاد گردیده است که اپراتورهای فاضلاب از میکروارگانیسم هایی استفاده کنند که دارای قابلیت انتخابی در تولید نفت می باشند. این روش می تواند میزان تولید بیودیزل را به میزان 10 بیلیون گالن ، که بیش از سه برابر ظرفیت تولید فعلی بیودیزل کشور است ،افزایش می دهد.از طرفی حضور مواد شیمیایی دارویی در لجن یک چالش بزرگ است که نیاز به به انتخاب دقیق فن آوری های تصفیه و میکروب ها ی انتخابی برای این مواد شیمیایی دارویی را الزامی می سازد. در نهایت، تولید بیودیزل از لجن در دراز مدت می تواند بسیار سودآور باشد. در حال حاضر، هزینه های تولید در حدود 3.11 دلار در هر گالن بیودیزل تخمین زده شده است. برای توجیه استفاده از بیودیزل در رقابت با پترودیزل ، این هزینه باید به میزان برابر یا کمتراز هزینه های کنونی پترو دیزل یعنی 3.00 دلار در هر گالن کاهش یابد.