رودخانه ها يكي از مهم‌ترين منابع آب شیرین جهان هستند، كه به راحتي امکان آلودگي آنها وجود دارد. لذا آگاهی از شدت آلودگی این منابع آبي و را‌ه‌هاي پيشگيري از آلودگي آن‌ها دارای اهمیت است. در نظر گرفتن پایداری اکولوژیكی و سلامت محيط زیست رودخانه پائين دست در بهره برداری از مخازن سدها از مسائلی است که در چند دهه اخير بيشتر مورد توجه قرار گرفته است. این مسئله که سلامت محيط زیست پائين دست چگونه و با چه شاخصی وارد مطالعات برنامه ریزی منابع آب شود از مسائل چالش برانگيزی است که زمينه تحقيقات گسترده ای را فراهم آورده است. تنوع و فراواني بي مهرگان آبزي بر حسب شرايط محيطي متفاوت مي باشند، بنابراين با توجه به حساسيت آنها نسبت به آلاينده هاي مختلف مي توان شرايط آب از نظر آلودگي را ارزيابي نمود. به منظور تعيين کیفیت آب و شدت آلودگی رودخانه قشلاق سنندج6 ایستگاه در مسیر اين رودخانه به طول70 کیلومتر انتخاب شد، نمونه برداري به صورت ماهانه در خلال 6 ماه انجام شد. در اين تحقيق متغير‌هاي فيزيكي و شيميايي اندازه‌گيري شده برای محاسبه شاخص کیفیت آب (WQI) شامل؛ نیترات، فسفات، آمونیاک، pH، هدایت الکتریکی، درجه حرارت، اکسیژن محلول، اکسیژن مورد نیاز فعالیت های بیولوژیکی(BOD5) بودند. رودخانه قشلاق از 30 كيلومتري شمال سنندج آغاز و تا 40 كيلومتري جنوب سنندج ادامه دارد. نمونه های آب از 6 ایستگاه در طول این رودخانه برداشت شد. در کل از نتایج این مطالعه چنین بر می‌آید که ایستگاه 5 نقطه اوج آلودگی این رودخانه می باشد و از این ایستگاه به سمت پایین دست با توجه به قدرت خودپالايی رودخانه و ورود آب های فرعی از دره های اطراف به آن از میزان آلودگی این رودخانه کاسته می شود.