معماري مسجد- مدرسه هاي ايران تا قبل از دوره قاجار از لحاظ تلفيق عملكردها و تركيب حجمي در قالب يك يا دو چارچوب ساده و ابتدائي مي باشد. به جرات مي توان گفت شروع تحول ، خلاقيت و شكوفائي فضا در معماري مسجد - مدرسه ها از دوره قاجار آغاز گرديده است و مسجد - مدرسه آقابزرگ كاشان يكي از بهترين نمونه هاي مسجد - مدرسه هاي معماري ايران مي باشد كه معمار آن توانسته است با استفاده از خلاقيت هاي فضايي و نوآوري در تركيب حجمي ، دو عملكرد را به گونه اي با هم تلفيق نمايد كه در عين واحد بودن تركيب حجمي ، كاملا جدا از يكديگر عمل كنند.
در اين مقاله سعي شده است با استفاده از روش تحقيق توصيفي - تحليلي و با استفاده از منابع كتا بخانه اي وميداني ، تعدادي از نوآوري هاي معماري مسجد - مدرسه آقا بزرگ كاشان بازشناسي شود.
و نهايتا به اين نتيجه خواهيم رسيد كه ساخت بنا در ارتفاع و تفكيك عملكردي با استفاده از اختلاف تراز ، تركيب حجمي جديد ، پيچيدگي و تنوع فضايي ، تلفيق عملكردها بدون مزاحمت ، تحول در قوس هاي نما و تشابه تاق نماها با تاق نماهاي كليساهاي غرب ، مهتابي ها از جمله نوآوري هاي معماري مسجد-مدرسه آقا بزرگ مي باشد.