روش PBR (PCR based RFLP) براي اولين بار در ایران برای ارزیابی و مشخص نمودن ساختار جمعيتي در 25 ژنوتيپ سیب بومي ايران از سه منطقه آذربایجان، البرز و زاگرس و سه رقم تجاري بكار رفت. مزایای اصلی روش PBR شامل آسانی آنالیز، صرفه جویی در زمان و هزینه و تکرار پذیری آن می‌باشد. سه آغازگر عمومي كلروپلاست (HK، K1K2 و SfM) و يك آنزيم برشي (MseI) در اين بررسي استفاده شدند و از ژل آگارز برای تفکیک باندها استفاده شد. آغازگر SfM به علت توليد تعداد زيادي باند در اين بررسي قابل بهره برداری نبود. همچنين آغازگر K1K2 پس از برش حالت يك شكلي توليد كرد و فقط برش DNA حاصل از آغازگر HK حالت چند شكلي نشان داد. جهش¬هاي مشخص شده توسط تركيب آغازگر- آنزيم برشي HK-MseI جهش¬هاي حذف- اضافه در محدوده bp50-20 بودند. تنوع ژنتيكي سیتوپلاسمی كل در جمعيت¬ها (Ht)، تنوع درون جمعيتي (Hs) و تفاوت ژنتيكي بين جمعيت¬ها (Gstc) به ترتيب 410/0، 322/0 و 214/0 بدست آمدند. دندروگرام حاصل از بررسي جمعيت¬ها، ارقام تجاري را با در شباهت ژنتيكي 80/0 از ژنوتيپ¬هاي بومي ايران تفكيك كرد. بيشترين شباهت نيز بين دو جمعيت آذربايجان و البرز مركزي (99/0) مشاهده شد.