بوم¬نظام¬ زراعی، اکوسیستمی با کارکرد متعدد از جمله حفاظت از زمین، حفظ چشم¬انداز، کاهش فرسایش آبی و بادی، کاهش گازهای گلخانه¬ای، ترسیب کربن و مشارکت در پویایی اقتصاد در مناطق روستایی هستند که توسط بشر برای تولید محصولات خاص مدیریت می¬شوند. مدیریت صحیح آب در یک بوم¬نظام در کشاورزی پایدار مستلزم ایجاد تغییراتی همچون افزایش کارآیی مصرف نهاده¬ها، جایگزینی نهاده¬های تجدیدناپذیر و زیان¬بار با نهاده¬ها و عملیات بوم سازگار، مدیریت آب و نحوه آبیاری می¬باشد.از آنجا که آب مهم¬ترین عامل محدودکننده تولید محصولات زراعی در مناطق خشک و نیمه¬خشک و از جمله ایران به شمار می¬رود، در کشت بوم¬های پایدار، ضمن توجه ویژه به حفظ آب¬های سطحی، کارایی نظام-های آبیاری نیز باید افزایش یابد که استفاده کارآمد از نهاده‏ها و منابع انرژی در کشاورزی یکی از اصول مهم و تأثیرگذار برای توسعۀ پایدار در کشاورزی است که نشان می دهد مدیریت صحیح آب باید با هدف حفظ و بهبود مصرف آب، به حداقل رساندن فرسایش خاک، موازنه بین تولید محصول و سلامت آب و نیز بهره¬گیری از بقولات، کود سبز، کودهای آلی، کمپوست و بقایای گیاهی در کنار کودهای شیمیایی برای تغذیه گیاه و حاصلخیزی خاک صورت گیرد.