پايگاه داده ها در حوزه ي سلامت حاوي ميزان وسيعي از داده هاي باليني است كه كشف ارتباطات و الگوها در آن مي تواند به دانش جديد پزشكي بيانجامد. امروزه با توجه به پیدایش نظا­م­هاي اطلاعات يكپارچه و رشد فن آوري اطلاعات، اين مهم بيش از پيش نمايان شده است. این مطالعه با هدف شناسایی مزایای بالقوه­ای که داده­کاوی می­تواند به بخش بهداشت و درمان، با استفاده از داده­های بنیاد بیماری های نادر ایران به عنوان مطالعه موردی ارائه دهد، انجام پذیرفته است. معمول­ترین روش داده­کاوی که درخت تصمیم­گیری می­باشد برای تولید مدل پیش­بینی با مصورسازی درخت برای انجام تحلیل پیش بینی بیماری نادر مورد استفاده قرارگرفته است. تمام مراحل فرایند داده­کاوی با ابزاری به نام وکا (WEKA) انجام شده است. علاوه بر این، از وکا برای ارزیابی عملکرد پیش­بینی از طریق اندازه­گیری دقت، ویژگی و تحلیل حساسیت استفاده شده است. از جمله نتایج پژوهش حاضر، برخی از عواملی است که مراکز حمایتی بیمار می­توانند در هنگام پیش­بینی هزینه­های درمان بیمار مورد توجه قرار دهند. شاخص جنس یا سن، به شدت تحت تاثیر مدت زمان بستری بیمار قرار می­گیرد. بیمار سالخورده با بیماری نادر باید در مراکز درمانی تحت مراقبت و مدت زمان بستری طولانی­تری نسبت به افراد جوان­تر قرار گیرد. در نتیجه، درخت تصمیم­گیری یک روش مفید و آموزنده برای انجام داده­کاوی پیش­بینی شده است.