موسسات غیرانتفاعی سهام صادر نمی کنند و مأموریت آنها حداکثرسازی سود نیست. درحالی که مدیران موسسات غیرانتفاعی با مسئله پاسخگویی به سهامداران مواجه نیستند، آنان باید به اهداکنندگان و کمک کنندگان که منبع مهم سرمایه اند، پاسخگو باشند. این کمک کنندگان و اهداکنندگان منابع نا محدود ندارند و بنابراین موسسات غیرانتفاعی باید برای جذب سرمایه رقابت نمایند. اگر موسسه ای کنترل داخلی نامطلوبی داشته باشد، اهداکنندگان و کمک کنندگان میتوانند به حمایت موسسه های دیگر بپردازند، جایی که احتمال می رود استفاده کارآمدتری از سرمایه شود. هدف اصلی این مطالعه، شناسایی علائم هشداردهنده وجود مشکلات کنترل داخلی در موسسات غیرانتفاعی است. نمونه نهایی مورد استفاده برای این مطالعه شامل 261 عضو جامعه حسابداران رسمی ایران میباشد. همچنین بهمنظور گردآوری داده ها، از پرسشنامه استفاده شده است. به منظور پردازش داده ها، از آمار توصیفی و آزمون فریدمن استفاده شده است .نتایج پژوهش نشان می دهد که از نظر اعضای جامعه حسابداران رسمی ایران، پیچیدگی سازمانی، وجود کسری، انتقال گیرنده جدید بودن، خطر تداوم فعالیت، سطح ریسک و کوچک بودن موسسه حسابرسی کننده سال گذشته، از علائم با اهمیت وجود نقاط ضعف در سیستم کنترل داخلی موسسات غیرانتفایی قلمداد می شوند.