آلودگي¬های ناشي از سوخت‌هاي فسيلي زندگي در كره¬ی خاكي را دستخوش مشكلات فراوانی ساخته است. از این رو انتخاب جایگزینی مناسب، مقرون به صرفه و زیست¬سازگار با محیط زیست براي سوخت‌هاي فسيلي ضرورتی انکار ناپذیر است. از جمله انرژي‌هاي جایگزین مطرح شده، انرژي توليد شده توسط پيل‌هاي سوختي می¬باشد. یکی از انواع پیل های سوختی پیل سوختی میکروبی است. انرژی بالای مورد نیاز برای سیستم های متعارف تصفیه فاضلاب بسیار طاقت فرسا هستند. تکنولوژی پیل سوختی میکروبی با هزینه مؤثر و نیاز به انرژی کمتر برای این عملیات کارآمد پیشنهاد می شود. به این منظور در این مطالعه تصفیه پذیری فاضلاب شهری تصفیه خانه بابل مورد بررسی قرار گرفته است. این بررسی با استفاده از پیل سوختی میکروبی دو محفظه ای انجام شد. طی این بررسی میزان حذف COD بیش از91% و جریان الکتریسیته تولیدی به 0.288 میلی آمپر رسید.