شناسایی ژن های عمده تاثیرگذار بر توازن انرژی، تولید شیر، باروری، ایمنی و مصرف خوراک از اهداف مهم و استراتژیک در تحقیقات ژنتیک و اصلاح نژاد دام می باشد. از میان ژن های عمده، ژن لپتین از جمله ژن های بزرگ اثری است که چند شکلی موجود در آن با صفات مهم اقتصادی در دام های اهلی مرتبط است. در این پژوهش نمونه های خون به طور تصادفی از 120 راس بز نژاد نائینی جمع آوری شد. DNA به روش نمکی بهینه یافته استخراج و یک قطعه 275 جفت بازی از اگزون 3 ژن لپتین با استفاده از واکنش زنجیره پلی مراز تکثیر شد. به منظور تعیین ژنوتیپ های مختلف از روش PCR-SSCP استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد که تمامی بزهای مورد مطالعه دارای ژنوتیپ AA بودند، لذا در این جایگاه چندشکلی مشاهده نشد. با توجه به گزارشات قبلی مبنی بر ارتباط معنی دار این ژن با صفات رشد و دیگر صفات اقتصادی مهم احتمالا جایگاه های دیگر این ژن درگیر می باشد که نیازمند تحقیقات بیشتر می باشد.