در این بررسی از1330 توالی D-loop استفاده شد، که از بانک ژن NCBI استخراج شد. این توالی‌ها مربوط به سه زیرگونه از موش خانگی هستند. این کمپلکس شامل سه زیرگونه است (216 توالی D-loop مربوط به زیرگونه M.m.musculus ، 820 توالی D-loop مربوط به زیرگونه M.m.domesticus و 304 توالی مربوط به زیرگونه M.m.castaneus می باشد). سپس توالی‌های نوکلئوتیدی هر زیرگونه توسط نرم افزارهای Mega.6 و Arlequin و dnaSP آنالیز شدند. همچنین فرکانس هریک از نوکلئوتیدها، میزان تغییرات پورین‌ها، میزان تغییرات پیریمیدین‌ها محاسبه شد. همچنین با استفاده از نرم افزار مگا مدل تکاملی مناسب انتخاب گردید و درخت فیلوژنتیکی مناسب نیز رسم گردید. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیک فیلوژنی و فیلوژئوگرافی گونه Mus با استفاده از ژنوم میتوکندری(mtDNA) می‌باشد. همچنین در بانک ژنی NCBI تعدادی از توالی‌ها مربوط به یک زیرگونه‌اند در حالی که طبق بررسی‌ها وآنالیزهای انجام شده این توالی‌ها مربوط به یک زیرگونه دیگر است. این بررسی زیرگونه M.m.musculus را بعنوان زیرگونه اجدادی به ما معرفی می‌کند. و دو زیرگونه دیگر نیز از این زیرگونه اشتقاق یافته‌اند.